Bolnička ljekarna osigurava ispravan ciklus lijeka: zaprimanje, čuvanje, pripremu, distribuciju. Bolnička ljekarna opskrbljuje lijekovima i potrošnim medicinskim materijalom organizacijske jedinice bolnice.
Ljekarničku djelatnost provode magistri farmacije. U ljekarničkoj djelatnosti sudjeluju i farmaceutski tehničari uz nadzor magistara farmacije.
Magistri farmacije su zdravstveni stručnjaci specifično obrazovani i odgovorni za sigurnu, učinkovitu i racionalnu uporabu lijekova i sigurnost pacijenta.
Magistri farmacije provode ljekarničku djelatnost kroz upravljanje lijekovima u bolnici: odabir, nabava, izdavanje lijekova, savjetovanje u propisivanju i primjeni lijekova, praćenje primjene lijekova i učinaka liječenja, čuvanje lijekova i farmakovilgilancija.
Magistri farmacije također prate potrošnju lijekova i medicinskog potrošnog materijala po organizacijskim jedinicama bolnice te pripremaju periodička izvješća za ustanovu, HALMED, ISKRU i Ministarstvo zdravstva.
Magistri farmacije raspolažu informacijama o lijekovima temeljenim na stručnoj literaturi (npr. indikacije, kontraindikacije, farmakokinetička i farmakodinamička svojstva lijeka, interakcije sa drugim lijekovima, nuspojave, priprema lijekova za primjenu, čuvanje lijekova, inkompatibilnosti). Također ljekarnici raspolažu s aktualnim podacima o statusu lijeka na listi lijekova HZZO-a, trenutnoj dostupnosti lijeka na tržištu kao i drugim stručnim i regulatornim informacijama vezanim za lijek.
Magistri farmacije s drugim zdravstvenim djelatnicima bolnice sudjeluje u radu bolničkih tijela kao što su Povjerenstvo za lijekove, Povjerenstvo za bolničke infekcije, Povjerenstvo za kvalitetu zdravstvene zaštite.
Cilj rada Centralne bolničke ljekarne je osigurati stalno poboljšanje skrbi i ishoda liječenja za bolesnike u KBD-u, posebice u segmentu primjene lijekova. To se postiže kroz kontinuirano učenje, istraživanje, praksu, kao i dijeljenjem znanja i odgovornosti s ostalim zdravstvenim djelatnicima.