Zavod za abdominalnu kirurgiju ima 48 kreveta podijeljena na četri odjela:
Operacijski program Zavoda svakodnevno se obavlja u tri operacijske dvorane Operacijskog centra te u operacijskoj dvorani Zavoda za jednodnevnu kirurgiju. Godišnje liječnici Zavoda izvedu oko 2 500 operacijskih zahvata.
Poliklinička dijelatnost Zavoda odvija se kroz tri subspecijalističke ambulante svakim radnim danom u periodu od 08 i 30 do 15 i 30 na poliklinici P5, gdje se godišnje pregleda preko 12 000 bolesnika.
Na Zavodu se operativno liječi velik broj onkoloških bolesnika, čije se liječenje planira kroz multidisciplinarni tim odabirući najbolji modalitet liječenja za svakog pojedinog pacijenta u skladu sa najvišim svjetskim standardima. Osim klasičnim pristupom sve veći broj onkoloških bolesnika se operira minimalno invazivnim tehnikama.
Osim onkoloških zahvata na Zavodu se provodi minimalno invazivno liječenje: bolesti žučnih vodova i žučnih kamenaca te svih vrsta hernija i pretilosti.
Na Zavodu se odvija dodiplomska i postdiplomska nastava za studente Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Djelatnici Zavoda svoju znanstvenu djelatnost ostvaruju publicirajući znanstvene radove te aktivno sudijelujući na nacionalnim i međunarodnim kongresima.