Zavod za abdominalnu kirurgiju je nastao 2007. godine spajanjem do tada postojećih Odjela abdominalne kirurgije I i II.
Od njegovog osnutka do 2016. godine pročelnik Zavoda je bio prof. dr. sc. Leonardo Patrlj, dr. med. U razdoblju od 2016. do 2018. godine do odlaska u mirovinu pročelnik Zavoda je bio prof. dr. sc. Željko Bušić, dr. med., a od 2018. do 2023. godine prof. dr. sc. Igor Stipančić, dr. med.
Prof. dr. sc. Leonardo Patrlj kao predstojnik Klinike za kirurgiju i dugogodišnji pročelnik Zavoda za abdominalnu kirurgiju osobito je razvijao onkološku abdominalnu kirurgiju te kirurgiju jetre. Pod njegovim vodstvom Zavod je prerastao u tercijarni centar u kojem se liječe bolesnici koji zahtijevaju najsloženije kirurške postupke iz abdominalne kirurgije.
Minimalno invazivna kirurgija se počima razvijati na Zavodu 1993. godine kada je napravljena prva laparoskopska kolecistektomija, a daljnji razvoj doživljava 2003. godine uvođenjem laparoskopskih kolorektalnih operacija. Zavod tako preuzima primat u implementaciji novih minimalno invazivnih tehnika:
- odstranjenje slezene laparoskopskim načinom 2003. godine; (Stipančić i suradnici)
- spoj želuca i pseudociste gušterače – laparoskopska cistogastrostomija 2005.godine; (Stipančić i suradnici)
- postavljanje prilagodive želučane trake (SAGB) 2006. godine; (Kolak i suradnici)
- laparoskopska distalna pankreatektomija 2013.godine; (Stipančić i suradnici)
- laparoskopska bisegementektomija jetre 2013.godine (Rakić i suradnici)
- sinkrona laparoskopska resekcija kolona i jetre 2017. godine; (Rakić i suradnici)
