Zavod je nastao 2007. godine spajanjem do tada postojećih odjela Abdominalne kirurgije I i II. Stvaranjem Zavoda formirana su četiri odjela koja postoje i danas. Od njegovog osnutka do 2016. godine pročelnik Zavoda je bio prof.dr.sc Leonardo Patrlj dr.med., koji je ujedno bio i predstojnik Klinike za kirurgiju u KB Dubrava i voditelj Odjela hepatobilijarne kirurgije. U razdoblju od 2016. do 2018. godine do odlaska u mirovinu pročelnik Zavoda je bio Prof.dr.sc. Željko Bušić, a od 2018. godine prof.dr.sc. Igor Stipančić dr. med.
Prof. dr.sc. Leonardo Patrlj kao predstojnik Klinike za kirurgiju i dugogodišnji pročelnik Zavoda za abdominalnu kirurgiju osobito je podržavao onkološku abdominalnu kirurgiju i razvoj jetrene kirurgije. Pod njegovim vodstvom Zavod je prerastao u tercijarni centar u kojem se liječe bolesnici koji zahtijevaju složene kirurške postupke iz abdominalne kirurgije ne samo prema teritorijalnoj pripadnosti već iz cijele naše zemlje pa i susjednih zemalja osobito Bosne i Hercegovine.
Laparoskopske operacije započinju 1993. laparoskopskom kolecijstektomijom,a pravi zamah počinje 1995. Prve tipične laparoskopske resekcije kolona i rektuma zbog malignih i upalnih bolesti započeli smo 2003. godine. Na našem Zavodu se 25% bolesnika s karcinomom kolona i oko 30% s karcinomom rektuma operira laparoskopskim načinom dok u našoj zemlji ukupan broj operiranih ovim načinom je oko 15%.
Prvi smo u našoj zemlji načinili više naprednih minimalno invazivnih operacija:
- odstranjenje slezene laparoskopskim načinom (svibanj 2003.) (Stipančić i suradnici)
- spoj želuca i pseudociste gušterače – laparoskopsku cistogastrostomiju (travanj 2005.) (Stipančić i suradnici)
- laparoskopsku distalnu pankreatektomiju (travanj 2013.) (Stipančić i suradnici)
- laparoskopsku bisegementektomiju jetre (2013.) (Rakić i suradnici)
- sinkrona laparoskopska resekcija kolona i resekcija jetre (2017) (Rakić i suradnici)
U minimalno invazivnoj kirurgiji posebno mjesto ima i barijatrijska kirurgija. Od 2016. godine Odjel za endoskopsku kirurgiju je preimenovan u Odjel za Odjel za endoskopsku i barijatrijsku kirurgiju. Iako je prvi barijatrijski zahvat, postavljanje prilagodive trake (SAGB), načinjen 2006. god.(Kolak i suradnici) osnivanjem odjela formalno je priznata kirurgija pretilosti kao dio abdominalne kirurgije. U proteklom razdoblju učinjen je veliki broj operacija, a najčešće izvođen zahvat u prošlosti je SAGB, a danas je laparoskopska, tzv. „sleeve“ resekcija želuca. Iskustvo u barijatrijskoj kirurgiji je iznjedrilo i dvije knjige: Pretilost, uzroci i liječenje izdane 2016. (autora Ivo Soldo i Toni Kolak) te Pretilost i liječenje izdane 2020. istih autora u kojima su koautori liječnici Zavoda : Kristijan Ćupurdija, Domagoj Vergles, Knežević Mario i Jakov Mamić.
Prije 5 godina uveli smo i minimalno invazivne trans-analne operacije (TAMIS) u liječenju benignih i ranih malignih tumora rektuma.
2020. godine otvorili smo ambulantu za Enterostomalnu terapiju radi prijeoperacijske pripreme i edukacije bolesnika te bolje poslijeoperacijske skrbi i praćenja bolesnika sa stomama.
