Dijagnostički centar Zavoda čine ukupno tri laboratorija za ultrazvuk gdje se provode dijagnostički i terapijski postupci transabdominalnim i endoskopskim ultrazvukom te elastografija, četiri dvorane za endoskopske preglede i zahvate, jedna dvorana za preglede endoskopskom video kapsulom za dijagnostiku bolesti tankog crijeva te jedna dvorana s mogućnošću dijaskopije u kojoj se izvodi ERCP. Stacionarni bolnički odjel ima ukupno 36 kreveta i jedan apartman. Tijekom 2010. godine na Zavodu za gastroenterologiju hospitalizirano je oko 1500 bolesnika, od čega značajan dio čine bolesnici premješteni iz drugih bolnica Republike Hrvatske zbog potrebe za diferentnom dijagnostikom i terapijom, posebice bolesnici s diferentnom patologijom pankreatobilijarnog sustava. Iste godine u polikliničko-konzilijarnoj službi pregledano je oko 6300 bolesnika, u Dijagnostičkom centru učinjeno je oko 3600 dijagnostičkih transabdominalnih ultrazvučnih pregleda i intervencija (abdominalni UZV pregledi, dopleri visceralnih krvnih žila, punkcije i biopsije pod kontrolom abdominalnog UZV-a), oko 150 punkcija pod kontrolom EUS-a, 120 pregleda EUS-om te manji broj pregleda rektuma EUS-om, oko 1500 kolonoskopija s ileoskopijom, 3000 gastroskopija te oko 700 ERCP-a. Kao sastavni dio Zavoda djeluje i Dnevna bolnica u kojoj se provodi liječenje bolesnika s kroničnim upalnim bolestima crijeva (primjena bioloških lijekova) te liječenje bolesnika s kroničnim jetrenim bolestima (venepunkcije, primjena interferonske terapije).