Kirurgijom malformacija se ranih godina bavio prof. dr. sc. Ivo Čupar i prof. dr. sc. Branka Pilar, a kasnije ponajviše prof. dr. sc. Mladen Barlović koji je 1982. u okviru Klinike osnovao Centar za rascjepe. Odjel za malformacije i deformitete je do 2002. vodio prof. dr. Mario Bagatin, priznati stručnjak za malformacije orofacijalne regije.
Doprinos Klinike kirurgiji rascjepa uključuje prijenos tubuliranog režnja medijalno od korpusa mandibule (Čupar, 1957.), rez sluznice za osteotomiju gornje čeljusti (Čupar), primjena liodure kod fistula na nepcu (Barlović, 1971-73), kost brade za sekundarne osteoplastike ili kao podloga za nosno krilo (Bagatin, 1985.,1986.), sluznički otočni režnjevi za produbljenje vestibuluma (Bagatin, 1988.), produženje kolumele i formiranje vrška nosa (Bagatin, Larrabee, 1996.), rekonstrukcija nepca kombinacijom jezičnog i faringealnog režnja (Bagatin, Larrabee, 1999.) i dr.