Klinika za kirurgiju lica, čeljusti i usta utemeljena je 15. prosinca 1939. godine u sklopu Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Osnivač i prvi predstojnik Klinike bio je akademik Ivo Čupar. Već od njenog osnutka dio djelatnosti odnosio se i na onkološku kirurgiju glave i vrata.
Opsežniji zahvati u onkološkoj kirurgiji glave i vrata postupno se uvode 50-ih i 60-ih godina prošlog stoljeća i uglavnom se temelje na publikacijama recentnih američkih autora. Tako, djelomično odstranjivanje limfnih čvorova vrata ustupa mjesto disekciji vrata, a ekscizija tumora parotidne žlijezde zamjenjuje se parotidektomijom uz čuvanje ličnog živca.
Tijekom 70-ih godina dolazi do snažnijeg razvoja metoda onkološke kirurgije, ali i kirurških tehnika rekonstrukcijske kirurgije glave i vrata i uvođenje sustavnog praćenja onkoloških bolesnika. Profesor Mladen Barlović 1975. godine osniva Centar za tumore glave i vrata koji djeluje u okviru Klinike. Ubrzo nakon toga intenzivira se suradnja s drugim specijalistima uključenim u liječenje onkoloških bolesnika, organiziraju se konzilijarni sastanci sa specijalistima patologije, radiologije i radioterapije što dovodi do formiranja stalnog ”Onkološkog konzilija” koji sve do danas ima vrlo važnu ulogu u planiranju, liječenju i praćenju bolesnika s tumorima glave i vrata (multidisciplinarni tim).
Početkom 80-ih godina prošlog stoljeća, zahvaljujući zalaganju profesora Mihajla Viraga započinje sustavna primjena medicinske dokumentacije, organiziranog praćenja bolesnika i elektronske obrade podataka u onkološkoj kirurgiji glave i vrata po uzoru na najbolje svjetske centre. Godine 1990. reorganizacijom Klinike osniva se samostalni Odjel za kirurgiju tumora glave i vrata, a voditelj postaje profesor Virag.
Sustavnom edukacijom liječnika u najboljim svjetskim centrima i profiliranjem onkološke kirurgije glave i vrata kao užeg područja rada specijalista maksilofacijalne kirurgije, tijekom posljednjih 20-ak godina onkološka kirurgija postaje moderna kirurška disciplina u kojoj se sustavno prate najviši svjetski standardi kirurgije tumora glave i vrata. Razvijajući onkološku kirurgiju i uvodeći nove, sve složenije kirurške metode, razvija se i rekonstrukcijska kirurgija kao logična, potrebna i komplementarna uža specijalnost koja nadopunjuje onkološku kirurgiju te protetska rehabilitacija onkoloških bolesnika.
Razvijanjem onkološke kirurgije kroz duže vremensko razdoblje, Odjel koji vodi profesor Virag postaje jedan od najznačajnijih segmenata djelatnosti Klinike, mijenja naziv u Odjel za onkološku kirurgiju glave i vrata, a Klinika postaje jedan od vodećih centara kirurgije tumora glave i vrata u zemlji i prepoznatljiv centar izvrsnosti u regiji. U Klinici se provodi dodiplomska i poslijediplomska nastava za studente Medicinskog i Stomatološkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, edukacijski je centar specijalističkog usavršavanja, mjesto održavanja mnogobrojnih tečajeva i kongresa. Od 2011. godine voditelj Odjela je profesor Ivica Lukšić, a u sklopu kojeg se osniva Referentni centar za kirurgiju tumora lica, čeljusti i usta Ministarstva zdravstva Republike Hrvatske.