U sklopu Zavoda održava se dodiplomska i poslijediplomska nastava za studente Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu (MEF) i Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta (FBF) Sveučilišta u Zagrebu te specijalistička i subspecijalistička edukacija iz gastroenterologije i drugih internističkih grana kao i edukacija u sklopu Sveučilišnog poslijediplomskog specijalističkog studija iz gastroenterologije i Kliničke farmacije. Djelatnici Zavoda izvode nastavu i na poslijediplomskim/doktorskim studijima na MEF-u u Zagrebu, Rijeci, Mostaru i FBF-u u Zagrebu, a organiziraju i poslijediplomske tečajeve trajnog medicinskog usavršavanja iz ultrazvuka abdomena u suradnji s MEF u Zagrebu, Hrvatskim gastroenterološkim društvom i Hrvatskim društvom za ultrazvuk u medicini i biologiji. Broj liječnika u znanstvenom ili znanstveno-nastavnom zvanju (10) jasno ukazuje na jaku usmjerenost na edukaciju i znanost.
Zavod surađuje sa svim zdravstvenim ustanovama u RH te brojnim centrima u susjednim zemljama kao i inozemnim ekspertima koji su pomagali u uvođenju novih metoda. Naši liječnici usavršavali su se u Klinikama u Oklahoma Cityju, Meinzu, Bologni, Hannoveru, Londonu, Rimu i Magdeburgu s kojima nastavljamo odličnu suradnju.