U Zavodu se posebice njeguje znanstveni rad, o čemu svjedoče brojne publikacije (više od 100 znanstvenih radova u časopisima s međunarodnom recenzijom, od čega većina u bazi Current Contents u posljednjih 10 godina), ostvareni znanstveni projekti, sudjelovanje u pisanju sveučilišnih udžbenika i monografija te brojna pozvana predavanja na domaćim i međunarodnim stručnim i znanstvenim skupovima.
U posljednjih 10-ak godina liječnici Zavoda vrlo se aktivno bave istraživanjima ultrazvučnih metoda u gastroenterologiji, posebice ultrazvučne elastografije i kontrastnog ultrazvuka, a u suradnji s Fakultetom za elektrotehniku i računarstvo u Zagrebu rade i na razvoju algoritama umjetne inteligencije u dijagnostici kroničnih bolesti jetre i portalne hipertenzije. Zavod je uključen i u prestižni europski istraživački projekt iz programa Horizon 2020 (LiverScreen) s ciljem iznalaženja neinvazivnog algoritma za rano prepoznavanje rizika od kroničnih bolesti jetre u općoj populaciji, a samostalno ili u suradnji s drugim institucijama aktivno radi i na istraživanjima iz područja endoskopskog ultrazvuka, ERCP-a, upalnih bolesti crijeva te H. pylori infekcije.
Liječnici Zavoda redovito organiziraju ADRIATIC EUS & ERCP Worskhops – međunarodne radionice iz EUS-a i ERCP-a, te međunarodni simpozij Adriatic Liver Forum posvećen bolestima jetre na kojima sudjeluju vodeći stručnjaci iz Hrvatske i najprestižnijih europskih centara izvrsnosti.