Laboratorij za molekularnu mikrobiologiju

U Laboratoriju za molekularnu mikrobiologiju se provodi molekularna PCR dijagnostika na uzročnike najčešćih virusnih, bakterijskih i gljivičnih patogena. Laboratorij obrađuje i uzorke izvanbolničkih pacijenata za PCR dijagnostiku virusa SARS-CoV-2 i influence A/B te BioFire Respiratorni i Gastrointestinalni panel.

U Laboratoriju za molekularnu mikrobiologiju provode se RT-PCR pretrage na sistemima ExiStation™ 48 (BIONEER) i GeneXpert® (Cepheid) za detekciju navedenih patogena:

• Respiratorni virusi: SARS-CoV-2 i Influenca A/B
• Uzročnici spolno-prenosivih bolesti: Chlamydia trachomatis i Neisseria gonorrhoea
• Clostridium difficile (binarni toksin)
• MRSA (Methicillin-resistant Staphylococcus aureus)
• Geni za karbapenemaze: KPC, NDM, VIM, IMP i OXA-48

Također, radi se i multipleks PCR dijagnostika različitih panela na BioFire® FilmArray® sistemu. BioFire® paneli su namijenjeni postavljanju dijagnoze i liječenju teških oblika infekcija, osobito u slučajevima izostanka adekvatnog kliničkog odgovora, nejasnih kliničkih sindroma i preklapanja simptoma te kada na osnovu kliničke slike i rezultata drugih testova nije moguće procijeniti radi li se o bakterijskoj, virusnoj, gljivičnoj infekciji ili nekom drugom upalnom stanju. Paneli se zasnivaju na metodi multipleks ugniježđenog PCR-a te daju rezultate u brzom roku od otprilike jednog sata.

BioFire® Respiratorni panel (RP panel) detektira 23 patogena koji su najčešći uzročnici infekcija gornjih dišnih puteva. Uzorci pogodni za RP panel su isključivo brisevi nazofarinksa u fiziološkoj otopini ili viralnom transportnom mediju (Hanks).

Virusi koje obuhvaća panel:
Adenovirus, Coronavirus (229E, HKU1, NL63 i OC43), SARS-CoV-2 virus, Humani metapneumovirus, Humani rhinovirus/enterovirus, Influenza A virus, Influenza A/H1, Influenza A/H3, Influenza A/H1-2009, Influenza B virus, Parainfluenza virus 1/2/3/4 i Respiratorno-sincicijski virus (RSV).

Bakterije koje obuhvaća panel:
Bordetella parapertussis, Bordetella pertussis, Chlamydia pneumoniae i Mycoplasma pneumoniae.

BioFire® Pneumonia panel detektira 34 patogena koji su najčešći uzročnici infekcija donjih dišnih puteva. Uzorci pogodni za Pneumonia panel su sputum, BAL te aspirati traheja i bronha.

Panel semikvantitativno detektira navedene bakterije:
Acinetobacter calcoaceticus-baumannii kompleks, Enterobacter cloacae kompleks, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae group, Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae i Streptococcus pyogenes.

Panel kvalitativno detektira navedene atipične bakterije:
Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila i Mycoplasma pneumoniae.

Panel detektira navedene viruse:
Adenovirus, Coronavirus, Humani metapneumovirus, Humani rhinovirus/enterovirus, Influenza A virus, Influenza B virus, Parainfluenza virus i Respiratorno-sincicijski virus (RSV).

Panel detektira i 7 gena antimikrobne rezistencije, a to su karbapenemaze (ESBL – CTX-M, IMP, KPC, NDM, OXA-48 i VIM) te geni meticilinske rezistencije (mecA/C i MREJ).

BioFire® Gastrointestinalni panel (GI panel) detektira 22 patogena koja su najčešći uzročnici infekcija gastrointestinalnog trakta. Uzorak pogodan za Gastrointestinalni panel je stolica (u transportnom Cary Blair mediju).

Bakterije koje obuhvaća panel:
Campylobacter (jejuni, coli i upsaliensis), Clostridium difficile (toksin A/B), Plesiomonas shigelloides, Salmonella, Vibrio (parahaemolyticus, vulnificus i cholerae) i Yersinia enterocolitica.

Različiti sojevi bakterija E.coli/Shigella koje obuhvaća panel:
enteroagregativna E. coli (EAEC), enteropatogena E. coli (EPEC), enterotoksigena E. coli (ETEC), Shiga-like enterotoksigena E. coli  (STEC), E. coli O157 i Shigella/enteroinvazivna E. coli (EIEC).

Paraziti koje obuhvaća panel:
Cryptosporidium, Cyclospora cayetanensis, Entamoeba histolytica i Giardia lamblia.

Virusi koje obuhvaća panel:
Adenovirus F40/41, Astrovirus, Norovirus GI/GII, Rotavirus A i Sapovirus I/II/IV/V.

BioFire® Meningitis/Encefalitis panel (ME panel) detektira 14 patogena koji su najčešći uzročnici infekcija centralnog živčanog sustava. Uzorak pogodan za ME panel je likvor dobiven lumbalnom punkcijom (može biti krvav, žut ili zamućen).

Bakterije koje obuhvaća panel:
Escherichia coli K1, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae i Streptococcus pneumoniae.

Virusi koje obuhvaća panel:
Cytomegalovirus (CMV), Enterovirus (EV), Herpes simplex virus 1 (HSV-1), Herpes simplex virus 2 (HSV-2), Humani herpesvirus 6 (HHV-6), Humani parechovirus (HpeV). Varicella zoster virus (VZV).

Gljive koje obuhvaća panel:
Cryptococcus (C. neoformans i C. gattii)

BioFire® Panel za infekcije zglobova (JI panel) detektira 39 patogena koji su najčešći uzročnici septičkog artritisa, protetičkih infekcija i ostalih infekcija zglobova.  Uzorak pogodan za JI panel je sinovijalna tekućina.

Gram-pozitivne bakterije koje obuhvaća panel:
Anaerococcus prevotii/vaginalis, Clostridium perfringens, Cutibacterium avidum/granulosum, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Finegoldia magna, Parvimonas micra, Peptoniphilus, Peptostreptococcus anaerobius, Staphylococcus aureus, Staphylococcus lugdunensis, Streptococcus spp., Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae i Streptococcus pyogenes.

Gram-negativne bakterije koje obuhvaća panel:
Bacteroides fragilis, Citrobacter, Enterobacter cloacae complex, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Kingella kingae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella pneumoniae group, Morganella morganii, Neisseria gonorrhoeae, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Salmonella spp. i Serratia marcescens.

Gljive koje obuhvaća panel:
Candida, Candida albicans.

Panel detektira i 8 gena antimikrobne rezistencije, a to su karbapenemaze (ESBL – CTX-M, IMP, KPC, NDM, OXA-48 i VIM), geni meticilinske rezistencije (mecA/C i MREJ) i geni vankomicinske rezistencije (vanA/B).

BioFire® Panel za identifikaciju uzročnika iz pozitivne hemokulture (BCID panel) detektira 43 patogena koja su najčešći uzročnici infekcija krvožilnog sustava. Uzorak pogodan za BCID panel je pozitivna hemokultura.

Gram-negativne bakterije koje obuhvaća panel:
Acinetobacter calcoaceticus-baumannii kompleks, Bacteroides fragilis, Enterobacterales (Enterobacter cloacae kompleks, Escherichia coli, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae group, Proteus spp., Salmonella spp., Serratia marcescens), Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis Pseudomonas aeruginosa i Stenotrophomonas maltophilia.

Gram-pozitivne bakterije koje obuhvaća panel:
Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Listeria monocytogenes, Staphylococcus spp., Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus lugdunensis, Streptococcus spp., Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae i Streptococcus pyogenes.

Gljive koje obuhvaća panel:
Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Cryptococcus (C. neoformans/C. Gattii).

Panel detektira i 10 gena antimikrobne rezistencije, a to su karbapenemaze (ESBL – CTX-M, IMP, KPC, NDM, OXA-48 i VIM), gen rezistencije na kolistin (mcr-1), geni meticilinske rezistencije (mecA/C, MRSA – mecA/C i MREJ) i geni vankomicinske rezistencije (vanA/B).